Коноха : Наруто,Сакура,Какаши только вернулись с миссии по спасении Гаары.Дальше начинается обычная жизнь для многих жителей Конохи.Ходят на миссию,живут полной жизнью.Сакура и Наруто без Какаши отправятся на миссию А ранга.После миссии Наруто и Сакура получат в команду Ямато и Сая.У Какаши появляется много свободного времени и Тсунаде решает отправить его на миссию S ранга.В основном все герои свободны в своих действиях могут ходить на разные миссии и просто гулять.Команда Гая отправляется на миссию S.Тсунаде нанимает помощника который возиться с бумагами и по-этому она освобождается.Отоми и Китсуоми получают сообщение что они попадают в одну команду.Отоми очень рад что он сможет подружиться с братом а Кистсуоми по барабану единственное что ему не нравится то что помимо брата будут ешё 2 человека сенсей и девушка.
Суна : Гаара возвращается в деревню и пытается восстановить силу деревни.По этому жители суны в принудительном порядке ходят на миссии.Гаара и сам отправляется на миссии.Суна перестраивается и восстанавливается.Дела налаживаются.Гаара решает провести экзамен на становление джонином почти через 2 недели после возвращения в деревню.хотя экзамен был недавно.
Звук : Орочимару готовит новые планы.Тренирует Саске но Саске решает что он уже готов идти в бой и желает заполучить Кусаниги.Исход боя зависит от пользователей.Если же Саске победит то он забирает Кусаниги а Орочимару чудом спасается и пересиляется в другое тело.Если же Саске проигрывает то его команда вступает в бой и помогает Саске победить Орочимару но Кусаниги останится у Орочимару.Извините Орочимару-сама 
Акацуки : Сасори с трудом выжил и сейчас лежит в койке тоесть собирается по частям.Дейдара находит свои руки и их ему пришивают.Что значит что искусство будет жить.У Пейна много планов на Хидана,Какузу,Кисаме,Итачи.Хидан и Какудзу должны поймать Хвостатого демона,Восьми-хвостого.Кисаме и Итачи должны проведать один отряд.Отряд шиноби которые хотят вступить в организацию.Кисаме и Итачи отправляются уничтожить этих ребят.Конан и Пейн находятся в Логове как и Дейдара и Сасори.Зетсу и Тоби/Мадара отправляются убить Райкаге и его подчинённых что бы подвинуть нужного человека на этот пост.Там встречаются с Хиданом и Какудзу.И получается некий квартет.Четверо против элитных шиноби всей деревни Райкаге и Восьмихвостого.Пейн понимает что парням будет тяжело и отправляет им на выручку Сосори и Дейдару.
Пейн отправляется вместе Конан в Храм страны молнии.Как бы уберая большую часть защиты храма Пейн хочет уменьшить время затраченное на захват священного свитка их Храма.
Другие деревни : Всё как всегда не каких проблем и ходят на миссии.